바이오 벤처 기업, 이렇게 설립하세요

안녕하세요, Savetax-법인설립지원센터입니다.

바이오 산업의 고도화에 따라 생명과학, 의약, 의료기기 분야의 벤처 기업들이 빠르게 성장하고 있습니다.
오늘은 이러한 생명과학·의약·의료기기 등 바이오 벤처 기업 설립 방법에 대해 알아보겠습니다.

1️⃣ 바이오 벤처 기업이란?

‘바이오 벤처 기업’이란 생명공학 기술을 기반으로 의약품, 의료기기, 헬스케어, 신소재, 유전자 분석 및 진단 서비스 등을 연구·개발(R&D)하여 사업화하는 기업을 말합니다.

이 분야는 단순한 제조업과 달리 연구개발 비중이 높고, 정부 인허가와 지식재산권 확보가 필수이기 때문에 설립 단계부터 체계적인 구조를 세워야 합니다.

2️⃣ 법인설립 전 준비사항

법인설립 전에 다음 네 가지를 반드시 점검해야 합니다.

첫째, 사업 아이템을 구체화해야 합니다.
기술이전, 공동연구, 위탁개발(OEM·ODM) 등 어떤 모델로 수익을 창출할지 결정하세요.

둘째, 연구소와 시설 확보가 필요합니다.
기업부설연구소 인정을 받으려면 전담인력, 독립된 연구공간, 장비를 갖추어야 합니다.

셋째, 지식재산권 관리를 준비해야 합니다.
특허 출원 시 공동 연구자나 투자자 간 소유권 분쟁이 자주 발생하므로, 지분 비율과 권리 귀속을 미리 명확히 해야 합니다.

넷째, 투자 계획을 세우세요.
정부의 TIPS 프로그램, 기술보증기금, 벤처캐피탈 등 R&D 기업에 특화된 투자 연계 제도를 검토하는 것이 좋습니다.

💡 TIP : 
바이오 기업은 연구개발비 세액공제나 창업중소기업 감면 등 세제 혜택이 크기 때문에, 설립 단계부터 세무 구조를 설계하는 것이 중요합니다.

3️⃣ 어떤 형태로 설립할까?

바이오 벤처는 기술이전, 지분투자, 스톡옵션 부여 등 투자자와의 관계가 중요한 산업이기 때문에 주식회사 형태가 가장 적합합니다.

주식회사는 외부 투자자 참여가 용이하고, 직원에게 스톡옵션을 부여할 수 있으며, 향후 IPO(상장)도 유리합니다.

규모가 작은 연구개발 중심 기업이라면 유한회사 형태를 고려할 수도 있고, 공익적 연구조직이라면 재단법인 형태도 가능합니다.

4️⃣ 법인설립 절차 요약

1. 상호·본점·사업목적 결정
회사의 이름(상호), 주소(본점), 사업목적을 정합니다.
상호는 인터넷등기소에서 중복 여부를 확인할 수 있으며, 주소는 실제 사무실이나 비상주 사무실 주소도 가능합니다.

사업목적에는 ‘의약품 연구개발’, ‘의료기기 제조’, ‘생명공학 연구’ 등을 명확히 기재해야 합니다.

2. 정관 작성
정관은 회사의 기본 규칙을 정한 문서입니다.
이사회 구성, 주식 발행 조건, 대표이사 권한 등을 포함하며, 바이오 기업은 특히 연구개발 투자 구조나 기술이전 조건, 스톡옵션 부여 규정을 명확히 기재하는 것이 좋습니다.
투자 유치나 기술평가 시 신뢰도를 높이는 근거가 됩니다.

3. 발기인 및 주주 구성
설립에는 1명 이상의 발기인이 필요합니다.
바이오 기업은 연구자, 기술보유자, 투자자 등 여러 이해관계자가 참여하므로
지분율, 의결권, 기술출자 비율을 미리 합의해야 합니다.
기술출자는 현물출자 절차를 거쳐야 하며, 평가보고서가 필요할 수 있습니다.

4. 법인등기 신청

서류가 준비되면 관할 등기소에 설립등기를 신청합니다.
정관, 발기인회의 의사록, 대표이사 취임승낙서, 인감증명서 등이 필요하며, 등기가 완료되면 법인이 공식 성립합니다.

5. 사업자등록
등기 후에는 관할 세무서에서 사업자등록을 해야 합니다.
업종코드는 ‘연구개발업’, ‘의약품 제조업’, ‘의료기기 제조업’ 등 사업 내용에 맞게 선택합니다.

6. 연구소 및 벤처확인 절차
한국산업기술진흥협회(KOITA)에 기업부설연구소를 신고하고,
중소벤처기업부 또는 기술보증기금에서 벤처기업 확인을 신청합니다.

7. 관련 인허가 절차
의약품·의료기기 제조업, 임상시험, 환경 관련 허가를 식약처나 환경부에 신청해야 합니다.

5️⃣ 바이오 기업의 세무 핵심 포인트 

첫째, 연구·인력개발비 세액공제입니다.
기업 규모, 연구유형(일반·신성장/원천·국가전략기술), 공제방식(기본·증가분)에 따라 공제율이 달라집니다.
연구전담요원 인건비, 시약·부품비, 연구시설 임차비 및 이용료, 그리고 연구·시험용 설비의 감가상각비(요건 충족 시)가 포함됩니다.

둘째, 창업중소기업 등에 대한 세액감면(벤처기업 포함)입니다.
창업 후 최초 소득이 발생한 과세연도부터 최대 5년간 업종과 지역에 따라 50%에서 100%까지 감면받을 수 있습니다.

셋째, 기술이전·특허권 양도소득 감면입니다.
중소기업 또는 중견기업이 자체 개발한 특허권 등을 2026년 12월 31일까지 양도할 경우, 그 소득의 50%를 감면받을 수 있습니다. (특수관계인 제외)

넷째, 정부보조금의 회계처리입니다.
정부지원금을 수령한 경우, 세법상 수익 인식 시점과 법인세법 제67조에 따른 세무조정을 병행해야 합니다.

다섯째, 연구비 사전심사 및 증빙보관 의무입니다.
세액공제를 적용할 때에는 연구계획서, 연구보고서, 연구노트 등을 5년간 보관해야 하며, 국세청의 사전심사 제도를 통해 사전에 공제 가능성을 검토받을 수도 있습니다.

6️⃣ 설립 이후 꼭 해야 할 일

• 기업부설연구소나 전담부서 인정을 받으세요. (KOITA)

• 벤처기업 확인을 신청하세요. (중소벤처진흥공단, 기술보증기금)

• 연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 진행하고 관련 자료를 5년간 보관하세요.

• 식약처 인허가, 임상시험 승인 등 업종별 법적 절차를 밟으세요.

• 연구비와 일반 경비를 분리해 회계 시스템을 구축하세요.